1977 m. įkurta Šiaulių XV vidurinė mokykla.
1995 m. mokyklai suteiktas Dainų vidurinės mokyklos vardas.
1995 m. mokykloje pradėtas vykdyti sustiprintas anglų kalbos mokymas.
2000 m. m. mokykloje pradėtas profilinis mokymas pagal realinį ir humanitarinį profilius, tiksliųjų, socialinių mokslų, ekonominių, šiuolaikinių kalbų, informacinių technologijų pakraipas.
2002 m. buvo atidarytas mokyklos muziejus.
Nuo 2006–2007 m. m. vidurinio ugdymo programos buvo individualizuojamos.
Nuo 2007–2008 m. m., vadovaujantis Šiaulių miesto bendrojo ugdymo įstaigų tinklo pertvarkos planu, mokykla nebeformavo 9-ųjų klasių.
2009–2010 m. m. mokyklą baigė 32-oji (paskutinė) abiturientų laida.
Nuo 2010 m. rugsėjo 1 d. mokykla tapo Šiaulių Dainų pagrindine mokykla.
Nuo 2011 m. rugsėjo 1 d. pasikeitė mokyklos statusas – ji tapo Dainų progimnazija.
Nuo 2012 m., vadovaujantis Šiaulių miesto bendrojo ugdymo įstaigų tinklo pertvarkos planu, prie Dainų progimnazijos prijungta Dainų pradinė mokykla.
Ugdymo įstaiga vykdo priešmokyklinio, pradinio ugdymo ir pagrindinio ugdymo I dalies programas.
Ugdymo įstaigos vadovai
Julius Vainauskas (nuo 1977 m. iki 1983 m.)
Viktoras Varanavičius (nuo 1983 m. iki 2018 m.)
Asta Vaičiūnienė (nuo 2018 m.)
Įžymūs buvę progimnazijos mokiniai
Mindaugas Bilius, Lietuvos paralimpinio komiteto prezidentas
Asta Lesauskienė, tinklalaidės „Saulės miesto lyderiai“ kūrėja
Mindaugas Šatkauskas, chirurgas
Viktoras Peršinas, architektas
Irmantas Daraška, krepšininkas
Donatas Slanina, krepšininkas
Rolandas Janušas, muzikantas
Danielius Budrys, aktorius
Rolandas Dovydaitis, aktorius